Genetyczne powiązania z ciążowym czasem trwania i spontaniczne porody przedwczesne ad 6

Wiązanie ESR1 w locus WNT4.Panel A pokazuje, jak allel T rs3820282 tworzy silne miejsce wiązania dla receptora estrogenu (ESR1). Logo sekwencji motywu wiążącego ESR1 pokazuje preferencje wiązania DNA z ESR1. Wysokie nukleotydy powyżej linii przerywanej wskazują na zasady DNA, które są preferowane przez ESR1, podczas gdy zasady poniżej linii przerywanej są zniekształcone. Oś y wskazuje względne wolne energie wiązania dla każdego nukleotydu w każdej pozycji. Wysokość każdego nukleotydu można interpretować jako różnicę energii swobodnej od średniej (G) w jednostkach stałej gazowej (R) i temperaturze (T). Sekwencja umiejscowiona w promotorze WNT4 jest pokazana bezpośrednio pod osią x, z allelem T dla rs3820282 na dole. Allel T zmienia sekwencję z C (najbardziej zniechęcony) do T (najkorzystniej). W widoku ekranu UCSC Genome Browser, przedstawionym poniżej wykresu, wariant rs3820282 nakłada się na silne sygnały otrzymane z testu na chromatynę dostępną dla transpozazy z sekwencjonowaniem o wysokiej wydajności (ATAC seq, technika stosowana w biologii molekularnej do badania dostępności chromatyny) i sygnały H3K4me3 (znak chemiczny obecny na histonie H3, który wskazuje na aktywny promotor) w doczesnych komórkach zrębu w locus WNT4. Czerwona pionowa linia wskazuje pozycję rs3820282. Fioletowa grafika poniżej zrzutu ekranu wskazuje lokalizacje eksonów WNT4 (kolumny), nieprzetłumaczonych regionów (prostokąty) i intronów (linie poziome) ze strzałkami wskazującymi kierunek transkrypcji. Panel B pokazuje eksperymentalną walidację zależnego od allelu wiązania ESR1 z rs3820282 w teście przesunięcia ruchliwości elektroforetycznej (EMSA), ze strzałkami wskazującymi zależne od allelu wiązanie ESR1 (strzałka dolna) i supershift kompleksu białko-DNA indukowane przez wiązanie przeciwciała ESR1 z kompleksem (górna strzałka). Korzystaliśmy z katalogu przewidywanych preferencji wiązania sekwencji37, aby przewidzieć czynniki transkrypcyjne, których wiązanie zmieniłoby się w przypadku implikowanych wariantów w locus WNT4. Przewidywaliśmy, że allel tymidynowy (T) rs3820282 (r2 = 0,94 ze wskaźnikiem SNP rs56318008) w pierwszym intronie WNT4 zmieniłby wiązanie receptora estrogenu (ESR1). Ten allel tworzy niemal idealne pół-miejsce dla ESR1 (Figura 2A). Uzyskany wynik wzbogacania mikromacierzy wiążących białka, który ocenia siłę wiązania specyficznego dla allelu, wynosił 0,46 (wskazując silne wiązanie) dla tego allelu, podczas gdy dla alternatywnego allelu, reszta cytozyny (C) wynosiła 0,09 (co wskazuje na brak wiążący). To odkrycie jest zgodne z obserwacją, że ESR1 jest zdolny do wiązania się z tym locus w kontekście komórkowym38. Potwierdziłyśmy obecność znaczników H3K4me3 i otwartej domeny chromatyny pokrywającej się rs3820282 w unieśmiertelnionej linii komórek zrębu endometrium, która wykazała, że chromatyna nad tym locus był prawdopodobnie dostępny i aktywny w tych komórkach (Figura 2A). (H3K4me3 jest modyfikacją histonów znajdującą się w aktywnych regionach promotorowych, a otwarta domena chromatyny wskazuje, że region jest dostępny dla czynników transkrypcyjnych.) Przy użyciu testu przesunięcia ruchliwości elektroforetycznej wykryliśmy wzmocnione wiązanie się ESR1 z allelem T rs3820282 ( Rysunek 2B)
[patrz też: niedobór boru, specjalizacje lekarskie warszawa, tadalafil apteka ]

Powiązane tematy z artykułem: niedobór boru specjalizacje lekarskie warszawa tadalafil apteka