Genetyczne powiązania z ciążowym czasem trwania i spontaniczne porody przedwczesne ad

Do tej pory indywidualne badania asocjacji genomewidu (patrz: Słownik) spontanicznego porodu przedwczesnego obejmowały około 1000 matek przypadkowych lub dzieci z grupami kontrolnymi o podobnej wielkości. Nie zgłoszono replikowanych loci o znaczeniu dla genomu 12-14. Aby pokonać ograniczenia wielkości próby, przeprowadziliśmy odkrywanie genomu w dużej grupie kobiet o europejskich korzeniach i przetestowanych skojarzeniach zidentyfikowanych w zestawie wykrywania do replikacji w trzech skandynawskich zestawach danych. . Metody
Zestaw danych Discovery
Przeprowadziliśmy dwuetapowe badanie asocjacyjne genomewidu w celu odkrycia i replikacji loci genetycznych związanych z czasem trwania ciąży i ryzykiem porodu przedwczesnego. Kobiety w zestawie danych o odkryciach były uczestnikami programu badawczego 23andMe, osobistej firmy zajmującej się genomiką i biotechnologią. Wszystkie kobiety wyraziły pisemną świadomą zgodę i odpowiedziały na ankiety w Internecie zgodnie z protokołem dotyczącym ludzi, zatwierdzonym przez etyczne i niezależne służby weryfikacyjne (www.eandireview.com). W analizie uwzględniono niepowiązane kobiety o europejskim pochodzeniu, które zgłosiły swój ciężarny czas trwania pierwszego singletowego porodu. Kobiety z wskazaniem medycznym do porodu przedwczesnego zostały wykluczone; osoby, które nie określiły wskazań medycznych, zostały uwzględnione w celu optymalizacji wielkości próby. Stan porodu przedwczesnego ustalono na podstawie dychotomizacji czasu trwania ciąży (czas przedwczesny, <37 tygodni, termin, .37 tygodni).
Ekstrakcja DNA i genotypowanie zostały przeprowadzone przez National Genetics Institute. Ograniczono analizy do 43 568 kobiet z ponad 97% pochodzeniem europejskim, co określono za pomocą analizy lokalnych przodków15. Dane genotypu przypisano do referencyjnych haplotypów fazy projektu 1000 genomów.
Wykorzystaliśmy regresję liniową do przetestowania pojedynczych związków genetycznych z czasem trwania ciąży i regresją logistyczną, aby przetestować takie skojarzenia z urodzeniem przedwczesnym na podstawie przypisanej allelicznej dawki (tj. Oczekiwanej liczby alleli, zgodnie z programem imputacji). Jako współzmienne uwzględniamy wiek matki i pięć głównych składników, które mają uwzględniać resztkową strukturę populacji (tj. Różnicę w częstości alleli między subpopulacjami).
Połączyliśmy polimorfizmy pojedynczego nukleotydu (SNP) w regiony asocjacyjne (lub loci), najpierw identyfikując SNPs z asocjacją P <1,0 x 10-4, a następnie grupując te SNP w region, jeśli sąsiadowały ze sobą (<250 kb ). SNP o najmniejszej wartości P w każdym regionie wybrano jako indeks SNP. Regiony o sugestywnej istotności (P <1,0 x 10-6) testowano na etapie replikacji.
Testy replikacji
W celu przetestowania pod kątem replikacji wykorzystano dane od 8643 matek i 4090 niemowląt zebranych z trzech nordyckich badań urodzeniowych, 17, w których próbki z przedwczesnych porodów zostały wzbogacone i próbki od urodzeń, które były po terminie lub blisko granicy przedterminowej (37 do 38 tygodni ciąży) zostały wykluczone (Tabela S1 i Ryc. S2 w Dodatku Dodatkowym, dostępne z pełnym tekstem tego artykułu na). Genotypowanie próbek z tych badań przeprowadzono za pomocą różnych macierzy SNP, jak opisano wcześniej.17 Uczestnicy spoza Europy byli identyfikowani i wykluczani przy użyciu analizy głównych składników
[patrz też: zespół aspergera warszawa, kryształy charcota leydena, specjalizacje lekarskie warszawa ]

Powiązane tematy z artykułem: kryształy charcota leydena specjalizacje lekarskie warszawa zespół aspergera warszawa