Genetyczne powiązania z ciążowym czasem trwania i spontaniczne porody przedwczesne cd

Przeprowadziliśmy imputację genomewidu przy użyciu haplotypów referencyjnych wyodrębnionych z fazy Projektu 1000 genomów Przetestowaliśmy jednokreskowe powiązanie genetyczne w każdym zestawie danych do replikacji, stosując metody podobne do tych stosowanych na etapie odkrywania. Zastosowaliśmy metodę odwrotnej wariancji efektów stałych do obliczenia wartości P replikacji po korekcie dla genomowego współczynnika inflacji (który jest używany do ilościowego określenia nadwyżki częstości fałszywie dodatnich) w połączonej analizie trzech zestawów danych Nordic. Spośród SNP, które miały związek z sugestywnym znaczeniem genomu (P <1,0 × 10-6) w fazie odkrywania lub SNP w warunkach ścisłego sprzężenia zwrotnego (r2> 0,80), te, które wykazały znaczące powiązanie (i w tym samym kierunku) w testach replikacji uznano za statystyczny dowód powielenia przypuszczalnego miejsca. Poziom istotności każdego locus został skorygowany przez efektywną liczbę niezależnych SNP18, które były testowane w locus i całkowitą liczbę loci, które były testowane w zestawach danych replikacji (Tabela S6 w Dodatku Aneks). Związek uznano za replikowany, jeśli wartość P najsilniej związanego SNP była mniejsza od progu istotności i miała połączoną wartość P wykrywania i replikacji mniejszą niż 5,0 x 10-8.
Przeprowadziliśmy również testy asocjacyjne na próbkach pobranych od 4090 niemowląt i połączonych analiz matematyczno-płodowych genetycznych w 3184 matkach-niemowlętach z trzech zestawów replikacyjnych spełniających kryteria włączenia (patrz sekcja opisująca metody replikacji w dodatkowym dodatku) do ocenić, czy zaobserwowane asocjacje były spowodowane wariantami w genomie matki lub wariantami w genomie płodowym.
Analiza statystyczna
Wykorzystaliśmy katalog GWAS 19, bazę danych wszystkich opublikowanych badań stowarzyszeń genomewidu, opracowanych we współpracy między National Human Genome Research Institute i European Bioinformatics Institute, w celu sprawdzenia, czy SNP związane z czasem trwania ciąży lub porodem przedwczesnym zostały wykonane. związane z innymi cechami wcześniej. Ponadto wykorzystaliśmy bazę danych GTEx20, która przechowuje informacje o genotypie i specyficznych tkankowo poziomach ekspresji genu, w celu ustalenia, czy którykolwiek z implikowanych SNPs może wpływać na ekspresję genów specyficznych dla tkanki. Zbadaliśmy, czy wiele niezależnych wariantów w danym locus wpłynęło na czas porodu za pomocą przybliżonej analizy warunkowej i łącznej. 21 Oceniamy frakcję wariancji fenotypowej, która została wyjaśniona przez wszystkie powszechne SNP22 za pomocą analizy cech kompleksu genów (GCTA) 23 lub zestawy znaczących SNP z wykorzystaniem podejścia opartego na wyniku genetycznym.24 Szczegółowy opis tych analiz znajduje się w części opisującej inne analizy statystyczne i bioinformatyczne w dodatkowym dodatku.
Wyniki
Zestawy danych badań
W zestawie danych o odkryciu, z 53 568 kobiet, które zostały zidentyfikowane przez 23 i Mee, 37 803 (86,8%) dostarczyło w terminie (37 do 42 tygodni), 3331 (7,6%) przed okresem (<37 tygodni) i 2434 (5,6 %) po okresie (> 42 tygodni) (tabele S1 i S2 oraz ryc. S1 w dodatkowym dodatku)
[przypisy: Kabiny Sanitarne, alkoholizm leczenie, endometrioza leczenie ]

Powiązane tematy z artykułem: alkoholizm leczenie endometrioza leczenie Kabiny Sanitarne